Живаго Юрий Андреевич — главный герой романа, врач и поэт. Фамилия героя ассоциирует его с образом «Бога Живаго», т. е. Христа (ср. имя матери персонажа — Мария Николаевна); словосочетание «Доктор Живаго» может быть прочитано как «исцеляющий все живущее». Имя Юрий перекликается с обоими основными топонимами романа — Москвой (ср. мифопоэтические коннотации имени Георгий = Юрий) и Юрятином. Ср. также ассоциативную связь слов «Юрий» — «юродивый». Существенно и значение отчества: Андрей — «человек», Андреевич — «сын человеческий».
Роман начинается смертью родителей героя: мать умирает, а отец, разорившийся миллионер, кончает .жизнь самоубийством, выбросившись на ходу из курьерского поезда. Дядя мальчика, Николай Николаевич Веденяпин, привозит его в Москву и поселяет в семье профессора Громеко. Однажды после прерванного музыкального вечера Ж. вместе с приятелем Мишей Гордоном сопровождают Александра Александровича Громеко в номера «Черногория»: здесь Ж. впервые видит Лару — спящую в кресле девушку, затем наблюдает ее молчаливое объяснение с Кома-ровским. Почти через 20 лет Ж. будет вспоминать эту сцену: «Я, мальчик, ничего о тебе не знавший, всей мукой отозвавшейся тебе силы понял: эта щупленькая, худенькая девочка заряжена, как электричеством, до предела, всей мыслимою женственностью на свете». Ж. поступает в университет на медицинский факультет. Начинает писать стихи. Окончив университет, пишет работу о физиологии зрения. В рождественский вечер 1911 г. Ж. вместе с Тоней Громеко едет на елку к Свентицким: проезжая по Камергерскому переулку, он обращает внимание на окно, за которым горит свеча (это окно той комнаты, где Лара разговаривает с Пашей Антиповым, но Ж. об этом не знает). Возникает строка стихотворения: «Свеча горела на столе. Свеча горела...» («Свеча горела на столе» — неосознанная цитата из стихотворения К. Романова 1885 г. «Смеркалось: мы в саду сидели...»). На елке у Свентицких Ж. видит Лару сразу после ее выстрела в прокурора и узнает ее, хотя и не знает ее имени. Вернувшись с елки, Ж. и Тоня узнают, что мать Тони умерла; перед смертью она просила их пожениться. Во время похорон Ж. ощущает желание, в противовес смерти, «трудиться над формами, производить красоту. Сейчас, как никогда, ему было ясно, что искусство всегда, не переставая, занято двумя вещами. Оно неотступно размышляет о смерти и неотступно творит этим жизнь». Ж. и Тоня женятся; осенью 1915 г. у них рождается сын Сашенька. Ж. призывают в армию; он ранен; лежа в госпитале, встречает Лару. Из Москвы ему сообщают, что без его разрешения вышла книжка его стихов, которую хвалят. Работая в городке Мелюзееве, Ж. живет в одном доме с Антиповой, однако даже не знает ее комнаты. Они часто сталкиваются по работе. Он «честно старается не любить» ее, однако проговаривается, и она уезжает.
Летом 1917 г. и Ж. уезжает в Москву с распадающегося фронта. В Москве, встретившись с семьей, он все же чувствует себя одиноким, предвидит социальные катаклизмы, «считает себя и свою среду обреченными». Он работает в больнице, а также пишет «Игру в людей» — дневник, включающий стихи и прозу. Дни октябрьских боев в Москве совпадают с тяжелой болезнью сына Сашеньки. Выйдя через несколько дней на улицу, Ж. в подъезде дома на углу Серебряного переулка и Молчановки читает в газете первый декрет советской власти; в этом же подъезде встречает неизвестного юношу, не зная, что это его сводный брат Евграф. Ж. принимает революцию с энтузиазмом, называя ее «великолепной хирургией». Зимой 1918 г. он переносит тиф. Когда Ж. выздоравливает, в апреле 1918 г. вместе с женой, сыном и тестем они по совету Евграфа уезжают на Урал, в бывшее имение деда Тони Варыкино, недалеко от Юрятина. Едут несколько недель. Уже на подъезде к Юрятину на одной из станций Ж. ночью арестовывают красноармейцы, принимая за шпиона. Его допрашивает военком Стрельников (Ж. не знает, что это Антипов, муж Лары) и после беседы освобождает. Случайному попутчику Самдевятову Ж. говорит: «Я был настроен очень революционно, а теперь думаю, что насильственностью ничего не возьмешь». ^К. с семьей благополучно добирается до Юрятина, затем они едут в Варыкино, где поселяются, занимая две комнаты в старом барском доме. Зимой Ж. ведет записи — в частности, записывает, что отказался от медицины и о врачебной специальности умалчивает, чтобы не связывать своей свободы. Периодически он посещает библиотеку в Юрятине и однажды видит в библиотеке Антипову; не подходит к ней, но списывает ее адрес с библиотечной карточки. Затем приходит к ней на квартиру; через некоторое время происходит их сближение. Ж. тяготится тем, что обманывает жену, и он решает «разрубить узел силою». Однако когда он верхом возвращается из города в Варыкино, его останавливают партизаны красного отряда и «принудительно мобилизуют как медицинского работника».
В плену у партизан Ж. проводит более года, причем командиру отряда Ливерию Микулицыну прямо говорит, что отнюдь не разделяет идей большевизма: «Когда я слышу о переделке жизни, я теряю власть над собой и впадаю в отчаяние. <...> материалом, веществом жизнь никогда не бывает. Она сама, если хотите знать, непрерывно себя обновляющее, вечно себя перерабатывающее начало, она сама вечно себя переделывает и претворяет, она сама куда выше наших с вами тупоумных теорий». О Ларе и своей семье Ж. ничего не знает — не знает о том, как прошли роды у жены (когда его захватили, Тоня была беременна). В конце концов Ж. удается бежать из отряда, и, пройдя пешком десятки верст, он возвращается в Юрятин. Приходит на квартиру к Ларе, но та вместе с Катенькой, услышав о его появлении в окрестностях, уехала в пустующее Варыкино, чтобы ждать его там. В ожидании Лары Ж. заболевает, а когда приходит в себя, видит ее рядом. Они живут вместе. Ж. работает в амбулатории и на медицинских курсах. Несмотря на его выдающиеся способности диагноста, к нему относятся с недоверием, критикуя за «интуитивизм» и подозревая в идеализме. Он получает письмо из Москвы от жены, которое было написано пять месяцев назад: Тоня сообщала, что у них родилась дочь Маша, а также о том, что ее отца, дядю и ее с детьми высылают за границу.
Приехавший в Юрятин Комаровский говорит Ж.: «Есть некоторый коммунистический стиль. Мало кто подходит под эту мерку. Но никто так явно не нарушает этой манеры жить и думать, как вы <...> Вы — насмешка над этим миром, его оскорбление. <...> Ваше уничтожение на очереди». Тем не менее Ж. отказывается от предложения Комаровского уехать на Дальний Восток, и они с Ларой решают переждать опасность в Барыкине. Там Ж. начинает по ночам записывать ранее сочиненные стихи, а также работать над новыми вещами: «он испытал приближение того, что называется вдохновением. Соотношение сил, управляющих творчеством, как бы становится на голову. Первенство получает не человек и состояние его души, которому он ищет выражения, а язык, которым он хочет его выразить. Язык, родина и вместилище красоты и смысла, сам начинает думать и говорить за человека и весь становится музыкой, не в отношении внешне слухового звучания, но в отношении стремительности и могущества своего внутреннего течения». В Варыкино приезжает Комаровский, который в секретном разговоре с Живаго сообщает, что Стрельников/Антипов, муж Лары, расстрелян и она с дочерью в большой опасности. Ж. соглашается на то, чтобы Лара с Катенькой уехали с Комаровским, говоря ей, что сам присоединится к ним позже. Оставшись один в Барыкине, Ж. по ночам пьет и пишет стихи, посвященные Ларе, — «но Лара его стихов и записей, по мере вымарок и замены одного слова другим, все дальше уходила от истинного своего первообраза». Однажды в варыкинском доме появляется Стрельников, который, оказывается, жив; они с Ж. разговаривают всю ночь, а утром, когда !Ж. еще спит, Стрельников у крыльца дома пускает себе пулю в висок. Похоронив его, 2К. отправляется в Москву, куда приходит весной 1922 г. в сопровождении крестьянского юноши Васи Брыкина (с которым в свое время познакомился по дороге из Москвы в Юрятин). В Москве Ж. начинает писать маленькие книжки, которые «содержали философию Юрия Андреевича, изложение его медицинских взглядов, его определения здоровья и нездоровья, мысли о трансформизме и эволюции, о личности как биологической основе организма, соображения Юрия Андреевича об истории и религии, <...> очерки Пугачевских мест, где побывал доктор, стихи Юрия Андреевича и рассказы»; Вася занимается их изданием, но постепенно их сотрудничество прекращается. Ж. хлопочет о выезде за границу, к семье, однако без особой энергии. Он поселяется в бывшей квартире Свентицких, где занимает маленькую комнатку; он «забросил медицину, превратился в неряху, перестал встречаться с знакомыми и стал бедствовать». Затем он сходится с Мариной, дочерью дворника: «она стала третьей не зарегистрированной в загсе женой Юрия Андреевича, при неразведенной первой. У них пошли дети»: «две девочки, Капка и Клашка». Однажды Ж. исчезает: на улице он встречает Евграфа, и тот снимает ему комнату в Камергерском переулке — ту самую, в которой некогда студентом жил Антипов и в окне которой Ж. видел горящую на столе свечу. Ж. начинает работать над статьями и стихотворениями, предметом которых является город. Он поступает на службу в Боткинскую больницу; но, когда Ж. впервые едет туда на трамвае, у него начинается сердечный приступ: он успевает выйти из вагона и умирает на улице. Собранные Евграфом стихи Ж. составляют заключительную часть романа.