«Мастер и Маргарита» композиционно построен как роман в романе. Главным является роман о Мастере, егожизни и смерти в Москве конца 20-х годов XX века. Но Мастер — писатель, который сочинил роман об античных временах. Эти два романа («московский» и «античный») составляют одно целое, так как в них на разном жизненном материале и на разном уровне обобщения решаются одни и те же проблемы, присутствуют схожие конфликты и очень похожие по сути герои.
Мастер и Иешуа являются главными героями романов (соответственно «московского» и «античного»), хотя им посвящено немного страниц. Конфликт в «античном» романе завязывается из-за Иешуа: бродячего философа приводят на суд к Пилату, из-за него прокуратор ссорится с Каифой; после казни Иешуа Пилат мстит за его смерть Иуде и Кайфе. В «московском» романе сюжетообразующим является рассказ о Мастере, его книге и любви к Маргарите.
Кроме сюжетообразующей функции образы Мастера и Иешуа выражают главную положительную идею романа. Они оба знают высшую, с точки зрения Булгакова, истину: любовь и «добрая воля» — вот абсолютные ценности в жизни. Иешуа представлен в романе как идеально-нравственный человек. Булгаков, изображая его поведение у Пилата, показывает, что добро неминуемо ведёт к абсолютной внутренней свободе. Людям у власти эта свобода страшна, поэтому из зависти (Кайфа) и из страха (Пилат) они губят человека, который проповедует высшую философскую истину. Образ Мастера несёт в романе идею конкретного исторического выбора. Мастер является героем в высоком смысле слова, хотя его внешний вид снижен (сумасшедший в больничном халате), хотя на нём лежит трагическая вина (он сжёг свою книгу о Пилате и Иешуа). И всё же он герой: в свой «жестокий век» (А.С.Пушкин) оголтелого атеизма и моральной вседозволенности он написал книгу об общечеловеческих ценностях: о совести, о нравственных законах, об идеальном человеке Иешуа Га-Ноцри. Хотя Мастер отказался дописать свой роман, как предлагал ему Воланд, всё-таки судьбу Пилата он довёл до логического конца — прокуратор получает прощение за свой роковой поступок, когда подписал смертный приговор невиновному бродячему проповеднику. Перед тем как обрести «вечный приют» — покой, Мастер кричит Пилату: «Свободен! Свободен! Он ждёт тебя!» (1, 32) — и отпускает своего героя.
Главные герои романа продолжаются в учениках — Левин Матвее и Иване Бездомном, которые выбирают себе учителей не сразу, но зато навсегда. Левий Матвей был правоверным иудеем и сборщиком податей (налогов). Он случайно встретил бродячего философа и начал разговор с ним с оскорблений (1, 2), но потом поверил в Иешуа и стал его верным спутником и единственным преданным другом до смерти. Он пытался даже убить Иешуа, чтобы избавить его от страданий на кресте. А после смерти учителя Левий отказывается от сытой и спокойной жизни в поместье Пилата и отправляется странствовать по свету, чтобы рассказывать людям о своём учителе и его правде.
Поиски учителя Иваном Бездомным описаны в романе более подробно. Вначале учителем молодого пролетарского поэта был председатель МАССОЛИТа - Михаил Александрович Берлиоз, который в первой главе романа внушает Ивану, что идея антирелигиозной поэмы должна состоять не в том, хорош или плох был Христос, а в том, что его вообще не было. А если так, то человек сам управляет всем в жизни и тогда «всё позволено». Эти идеологические принципы отражаются в поведении и мировоззрении Бездомного. Он знает, как поступать с инакомыслящими (И. Канга за шестое доказательство Бога надо отправить в лагерь на Соловки), ему везде мерещатся шпионы (профессора чёрной магии принял за иностранного агента), он невежествен и не стыдится этого.
Перерождение пролетарского поэта начинается со страшного потрясения: на его глазах исполняется пророчество Воланда — Берлиоз попадает под трамвай. Далее Иван забредает в дом №13, где похищает бумажную иконку и венчальную свечку, потом купается в Москве-реке. Так герой проходит своеобразный обряд крещения, а выйдя из воды, становится новым человеком. Вместе с одеждой он потерял членский билет МАССОЛИТа. Иронический парадокс заключается в том, что, сойдя с ума, Иван прозревает и начинает правильно оценивать людей и окружающий мир. Он осознаёт своё невежество, называет собственные вирши «чудовищными» (1, 13), даёт справедливую характеристику стихам Рюхина, он верит в историю Мастера (сумасшедшего из соседней палаты) и понимает, что на Патриарших прудах произошло чудо, которого, с точки зрения атеистов, не может быть: он «имел удовольствие беседовать с сатаной» (1, 13). Иван видит во сне главу «Казнь» из романа Мастера, постигает гуманистические идеалы автора и восхищается его увлекательной фантазией.
Из эпилога выясняется, что Иван вылечился от шизофрении и покинул психиатрическую клинику профессора Стравинского. Он, как и обещал Мастеру, не пишет больше стихов, отказался от модного и звонкого псевдонима «Бездомный», стал профессором истории, то есть внешне повторил жизненный путь своего учителя. В его подсознании сохраняется память об учителе, и каждый год в весеннее полнолуние он видит сон-напоминание о Мастере и его героях — Иешуа и Пилате.
Подводя итог, следует сказать, что слово «учитель» в русском языке многозначно. Оно обозначает, во-первых, человека, который в школе учит детей; во-вторых, человека, который учит жизни, то есть показывает ученику наличном примере, что в жизни главное и неглавное, как следует отстаивать свои принципы, честь, интересы. В произведении Булгакова представлены именно учители жизни. Оба ученика в романе — Левий Матвей и Иван Бездомный — сознательно выбирают себе учителей, отказавшись от прежних наставников и ошибочных убеждений.
Что же привлекает людей к Мастеру и Иешуа? Думается, их доброта и несгибаемая убеждённость в силе добра и разума. Учители отстаивают свои принципы даже ценою жизни, что убеждает сильнее всего и вызывает к ним глубокую симпатию и уважение как учеников, так и читателей.
Ученики в романе уступают своим учителям и в уме, и в силе характера, но здесь нет ничего удивительного. Они обыкновенные люди, в сравнении с ними незаурядность учителей становится ещё более заметной. Левий Матвей записывает на свой пергамент то, что говорит Иешуа, но ученик искажает слова учителя, не специально, а по неразумию. Иван Николаевич Понырёв из невежественного превратился в учёного человека, но так и не написал продолжение романа Мастера об «античных» героях.